Der Überlieferung nach ist der Samurai Hayashizaki Jinsuke Shigenobu (zirka 1546 bis 1621) der Begründer des Iaido. Im Alter von 25 Jahren soll sich ihm, während einer seiner Meditationen beim Hayashizaki Schrein, die Natur des Schwertkampfes eröffnet haben. Er nannte seine Technik „Battojutsu“ und gründete die Schule „Hayashizaki Muso-Ryu“. Unter seinem Einfluss und dem seiner besten Schüler entwickelten sich die verschiedene Iaido-Stile.

Nach seinem Tod wurde die Tradition des „Shinmuso Hayashizaki Ryu“ durch Tamiya Heibei Narimasa fortgesetzt. Dass er Lehrer der ersten drei Tokugawa Shogunen (Ieyasu 1543-1616, Hidetada 1574-1632 und Iemitsu 1604-1651) war, hat viel zur Popularität seines Stils beigetragen.

Auf Tamiya Narimasa folgten Nagano Muraku Nyudo (3. Soke), Momo Gumbei Mitsushige (4. Soke), Arikawa Shozaemon Munetsugu (5. Soke) und Banno Denemon no Jo Nobusada (6. Soke).

Der 7. Soke war Hasegawa Mondonosuke Eishin. In Edo studierte er „Shinmuso Hayashizaki Ryu“ unter Nobusada, während der Kyoho Periode (1716-1735). Es wird gesagt, dass zuerst das Schwert mit der Schneide nach oben im Obi trug. Er nannte seinen Stil „Muso Jikiden Eishin Ryu“.

Der 9. Soke war Hayashi Rokudayu Morimasa. Er studierte beim 8. Sokei, Arai Seitetsu Seishin, „Muso Jikiden Eishin Ryu“. Gleichzeitig aber auch Shinkage Ryu unter der Anleitung von Omori Rokuro Saemon Masamitsu. Dieser hatte Formen von lai entwickelt, die sitzend praktiziert wurden („Seiza“). Sie wurden später in „Muso Jikiden Eishin Ryu“ integriert.

Gegen Ende des 19. Jahrhunderts verbot Kaiser Meiji das öffentliche Tragen von Schwertern. Dadurch kam die Entwicklung und Ausübung der Schwertpraktiken fast vollständig zum Erliegen. Nakayama Hakudo Hanshi (1869 bis 1958) hat sich um ein Wiederaufleben der traditionellen Schwertkunst bemüht. Er führte mehrere historische Schulen unter dem Namen „Muso Shinden Ryu“ zusammen und regelte sie teilweise neu.

1932 taucht zum ersten Mal der Begriff „Iaido” als Bezeichnung für die Schwertkunst auf, die bislang unter einer Vielzahl anderer Namen bekannt war.